MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus reuteri I5007 plasmid pLRI02

Total Repeats: 250

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021495	AATCA	2	10	7	16	60 %	20 %	0 %	20 %	512593097
2	NC_021495	ATG	2	6	35	40	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593097
3	NC_021495	ATC	2	6	203	208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593097
4	NC_021495	ATG	2	6	236	241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593097
5	NC_021495	A	7	7	380	386	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
6	NC_021495	A	7	7	424	430	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
7	NC_021495	A	7	7	497	503	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
8	NC_021495	CTG	2	6	648	653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512593098
9	NC_021495	CCA	2	6	726	731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512593098
10	NC_021495	GCG	2	6	832	837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512593098
11	NC_021495	GC	3	6	886	891	0 %	0 %	50 %	50 %	512593098
12	NC_021495	TGT	2	6	935	940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593098
13	NC_021495	TAC	2	6	972	977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593098
14	NC_021495	CG	3	6	983	988	0 %	0 %	50 %	50 %	512593098
15	NC_021495	CCTT	2	8	989	996	0 %	50 %	0 %	50 %	512593098
16	NC_021495	GTCA	2	8	1029	1036	25 %	25 %	25 %	25 %	512593098
17	NC_021495	CTT	3	9	1125	1133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593098
18	NC_021495	CGT	2	6	1227	1232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512593098
19	NC_021495	TTCCAA	2	12	1269	1280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593098
20	NC_021495	TGA	2	6	1421	1426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593099
21	NC_021495	TTG	2	6	1428	1433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593099
22	NC_021495	GAA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593099
23	NC_021495	T	7	7	1475	1481	0 %	100 %	0 %	0 %	512593099
24	NC_021495	CGA	2	6	1590	1595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512593099
25	NC_021495	CCAT	2	8	1643	1650	25 %	25 %	0 %	50 %	512593099
26	NC_021495	TTA	2	6	1677	1682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593099
27	NC_021495	TTC	2	6	1739	1744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593099
28	NC_021495	AGT	2	6	1748	1753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593099
29	NC_021495	AAT	2	6	1875	1880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593099
30	NC_021495	TA	3	6	1990	1995	50 %	50 %	0 %	0 %	512593099
31	NC_021495	CCT	2	6	2071	2076	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512593099
32	NC_021495	AT	3	6	2080	2085	50 %	50 %	0 %	0 %	512593099
33	NC_021495	TTA	2	6	2681	2686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593100
34	NC_021495	CG	3	6	2700	2705	0 %	0 %	50 %	50 %	512593100
35	NC_021495	CAA	2	6	2734	2739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
36	NC_021495	A	6	6	2754	2759	100 %	0 %	0 %	0 %	512593100
37	NC_021495	TGA	2	6	2766	2771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593100
38	NC_021495	ATA	2	6	2774	2779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593100
39	NC_021495	TAA	2	6	2835	2840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593100
40	NC_021495	GTT	2	6	2863	2868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593100
41	NC_021495	ACTT	2	8	2927	2934	25 %	50 %	0 %	25 %	512593100
42	NC_021495	CAA	2	6	2979	2984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
43	NC_021495	TAAG	2	8	3164	3171	50 %	25 %	25 %	0 %	512593100
44	NC_021495	GTGA	2	8	3208	3215	25 %	25 %	50 %	0 %	512593100
45	NC_021495	CAA	2	6	3256	3261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
46	NC_021495	A	6	6	3624	3629	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
47	NC_021495	CAAGA	2	10	3716	3725	60 %	0 %	20 %	20 %	512593101
48	NC_021495	A	6	6	3777	3782	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
49	NC_021495	GGT	2	6	3787	3792	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512593101
50	NC_021495	AAG	2	6	3798	3803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593101
51	NC_021495	A	7	7	3909	3915	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
52	NC_021495	AGTA	2	8	3924	3931	50 %	25 %	25 %	0 %	512593101
53	NC_021495	A	6	6	3933	3938	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
54	NC_021495	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
55	NC_021495	TGGTG	2	10	4329	4338	0 %	40 %	60 %	0 %	512593102
56	NC_021495	TTA	2	6	4363	4368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
57	NC_021495	T	8	8	4382	4389	0 %	100 %	0 %	0 %	512593102
58	NC_021495	TA	3	6	4426	4431	50 %	50 %	0 %	0 %	512593102
59	NC_021495	TTAG	2	8	4462	4469	25 %	50 %	25 %	0 %	512593102
60	NC_021495	ATT	2	6	4512	4517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
61	NC_021495	AAT	2	6	4530	4535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
62	NC_021495	A	6	6	4586	4591	100 %	0 %	0 %	0 %	512593102
63	NC_021495	AAT	2	6	4624	4629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
64	NC_021495	ATT	2	6	4686	4691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
65	NC_021495	TTA	2	6	4703	4708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
66	NC_021495	TTA	2	6	4726	4731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
67	NC_021495	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
68	NC_021495	TGG	2	6	4866	4871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512593102
69	NC_021495	TTAAT	2	10	4910	4919	40 %	60 %	0 %	0 %	512593102
70	NC_021495	ATA	2	6	4923	4928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
71	NC_021495	AT	3	6	5140	5145	50 %	50 %	0 %	0 %	512593103
72	NC_021495	GTA	2	6	5154	5159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
73	NC_021495	TCA	2	6	5173	5178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593103
74	NC_021495	ATG	2	6	5193	5198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
75	NC_021495	A	7	7	5217	5223	100 %	0 %	0 %	0 %	512593103
76	NC_021495	TAC	2	6	5237	5242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593103
77	NC_021495	GAT	3	9	5252	5260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
78	NC_021495	A	7	7	5264	5270	100 %	0 %	0 %	0 %	512593103
79	NC_021495	CTAA	2	8	5410	5417	50 %	25 %	0 %	25 %	512593104
80	NC_021495	TCA	2	6	5428	5433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593104
81	NC_021495	GT	3	6	5466	5471	0 %	50 %	50 %	0 %	512593104
82	NC_021495	GGA	2	6	5524	5529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512593104
83	NC_021495	AAT	2	6	5591	5596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593104
84	NC_021495	TAA	2	6	5724	5729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593104
85	NC_021495	A	6	6	5779	5784	100 %	0 %	0 %	0 %	512593104
86	NC_021495	T	7	7	5789	5795	0 %	100 %	0 %	0 %	512593104
87	NC_021495	TAAT	2	8	5798	5805	50 %	50 %	0 %	0 %	512593104
88	NC_021495	CAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593105
89	NC_021495	GAA	2	6	6029	6034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593105
90	NC_021495	ATAA	2	8	6263	6270	75 %	25 %	0 %	0 %	512593105
91	NC_021495	TAA	2	6	6346	6351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593105
92	NC_021495	A	6	6	6373	6378	100 %	0 %	0 %	0 %	512593105
93	NC_021495	CTA	2	6	6403	6408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593105
94	NC_021495	CGG	2	6	6412	6417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512593105
95	NC_021495	ATT	2	6	6425	6430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593105
96	NC_021495	AGCT	2	8	6437	6444	25 %	25 %	25 %	25 %	512593105
97	NC_021495	ATG	2	6	6531	6536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593105
98	NC_021495	AAT	2	6	6552	6557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593105
99	NC_021495	AGTT	2	8	6590	6597	25 %	50 %	25 %	0 %	512593105
100	NC_021495	T	6	6	6625	6630	0 %	100 %	0 %	0 %	512593105
101	NC_021495	ATTAAG	2	12	6663	6674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	512593105
102	NC_021495	AAGG	2	8	6732	6739	50 %	0 %	50 %	0 %	512593105
103	NC_021495	AAAT	2	8	6742	6749	75 %	25 %	0 %	0 %	512593105
104	NC_021495	TTC	2	6	6819	6824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593105
105	NC_021495	CTT	2	6	6827	6832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593105
106	NC_021495	T	6	6	6898	6903	0 %	100 %	0 %	0 %	512593106
107	NC_021495	TAA	2	6	6960	6965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593106
108	NC_021495	AAT	2	6	6993	6998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593106
109	NC_021495	CTT	2	6	7012	7017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593106
110	NC_021495	CTC	2	6	7033	7038	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512593106
111	NC_021495	CA	3	6	7110	7115	50 %	0 %	0 %	50 %	512593106
112	NC_021495	TC	3	6	7116	7121	0 %	50 %	0 %	50 %	512593106
113	NC_021495	GAA	2	6	7445	7450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593107
114	NC_021495	TA	3	6	7455	7460	50 %	50 %	0 %	0 %	512593107
115	NC_021495	GAA	2	6	7561	7566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593107
116	NC_021495	GGGAAA	2	12	7616	7627	50 %	0 %	50 %	0 %	512593107
117	NC_021495	GAA	2	6	7628	7633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593107
118	NC_021495	CAG	2	6	7703	7708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512593107
119	NC_021495	AAC	2	6	7725	7730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593107
120	NC_021495	GAT	2	6	7775	7780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593107
121	NC_021495	GCC	2	6	7790	7795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512593107
122	NC_021495	ATC	2	6	7894	7899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593107
123	NC_021495	A	8	8	7956	7963	100 %	0 %	0 %	0 %	512593107
124	NC_021495	GTG	2	6	7978	7983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512593107
125	NC_021495	GTT	2	6	8000	8005	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593108
126	NC_021495	GTT	2	6	8017	8022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593108
127	NC_021495	T	8	8	8067	8074	0 %	100 %	0 %	0 %	512593108
128	NC_021495	CGT	2	6	8076	8081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512593108
129	NC_021495	CAT	2	6	8183	8188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593108
130	NC_021495	TTC	2	6	8217	8222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593108
131	NC_021495	AGT	2	6	8339	8344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593108
132	NC_021495	CTT	2	6	8379	8384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593108
133	NC_021495	CTGAA	2	10	8386	8395	40 %	20 %	20 %	20 %	512593108
134	NC_021495	CAA	2	6	8414	8419	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593108
135	NC_021495	TCA	2	6	8444	8449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593108
136	NC_021495	ATCA	2	8	8577	8584	50 %	25 %	0 %	25 %	512593108
137	NC_021495	ATGT	2	8	8593	8600	25 %	50 %	25 %	0 %	512593108
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250	NC_021495	AGTTT	2	10	15344	15353	20 %	60 %	20 %	0 %	512593115

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.